Потому что новые снимки импортируются в тот каталог, с которым вы работаете. Лучше всего для каждой сессии создавать новый каталог. Удалить все фотографии кроме последнего импорта очень просто. Нужно выбрать Previous Import, выделить эти фотографии, отметить их каким-либо рейтингом или меткой, затем выбрать All Photographs, сделать фильтрацию по фотографиям без данного рейтинга, выделить их и нажать Delete.