В сканировании действительно очень много нюансов. Это же примерно тоже самое что рав-конвертор для цифровых фотографий... С функциями цифровой фотокамеры. Только объект съемки - не портрет или пейзаж, а кусочек пленки с ранее отснятым изображением.

  Так что многое зависит от того, чем и что предстоит снимать. Предпочтительны конечно профессиональные слайд-сканеры, имеющие технические возможности работать в инфракрасном диапазоне, дополнительно уменьшать видимость пленочного зерна, синхронизировать проходы для получения hdr-эффекта и т.д.
  Я, используя такой сканер, получал вполне пристойные изображения и со старых советских слайдов и с черно-белых опять же старых поцарапанных пленок и с современных профессиональных цветных пленок как оптимизированных для сканирования, так и оптимизированных для печати.
  В плане подготовки приходилось иногда промывать плохо обработанные в минилабе пленки, на которых были заметные разводы и наплывы от плохой промывки. Но без опыта работы с пленкой, оборудования и знаний делать это не рекомендую. Для большинства нормальных пленок, даже старых (или особенно старых?) такая подготовка не требовалась. 
  Работа с пленкой ведется в специальных белых перчатках. В этом случае можно бесцеремонно хватать пленку за разные места. Перчатками же обычно протирается небольшая пыль с поверхности пленки перед подачей ее в сканер.
  Некоторые выдерживают сильно скрученные и покоробленные пленки под прессом для распрямления. Поскольку сканер не работает с трехмерной пленкой, у сильно деформированной будут проблемы с равномерностью резкости сканирования по полю пленки. При хранении нарезанной пленки в альбомах со  специальными калечными сливерами такой проблемы не наблюдается.

  По формату. Я обычно сканирую в тиф с максимальной глубиной цвета и прочими максимальными настройками. В принципе некоторые программы допускают сохранение сканов и в сыром формате типа dng-raw. Это может позволить более делекатно обращаться с пленкой, избежав необходимости повторного сканирования для уточнения параметров конвертации.