Появилась такая же проблема с АФ. 
Условия освещения хорошие, объективы - 85/1,4д, 28/2,8д, 50/1,4ж.
Тупить начинает через час съемок, при включенном CLS, может он как-то влияет на работу АФ? Серийную съемку  использую не часто.
Камере 3 года, маленький пробег, прошивка последней версии.
Пока такая ситуация была 2 раза