LR при закрытии всегда предлагает backup сделать, можно попробовать из backup сделать restore.
Если Foldres на диски нормальные(глянуть их на диске напр.ACDSEE можно?), я просто в LR удалял и еще раз поднимал все фотографии. Обработку мне еще раз пришлось сделать.
У меня LR предлагает backup делать почему-то не всегда. restore не помогает. да, папки на диске нормальные. в LR фото удаляли из отдельно созданных коллекций или из общей Smart Collectsions?