Наверное причина в синхронизации по передней либо по задней шторке, хотя не особо уверен...!

отключала, но тогда, при съёмке в тёмном помещении автофокусу не за что зацепиться 

странно. была 685, так такого не было. а что даже вспых не перебивает подсветку автофокуса?

Тема конечно старая, но вдруг кто будет искать решение данной проблемы. Возможно мое пригодиться.

У меня такой проблемы не было, но если бы была, я бы разделил фокусировки на заднюю кнопку.

Я так понимаю, что проблема происходит во время фокусировки. Значит нужно убрать фокусировку по кнопке спуска. 

У некоторых фотоаппаратов имеется специальная фокусировочная кнопка AF-ON, а некоторые позволяют перепрограммировать кнопку AE-L/AF-L так, чтобы она отвечала за автофокус, а не за блокировку экспозиции.

В результате:
- фокусируемся задней кнопкой (AF-ON или AE-L/AF-L) - появляется подсветка автофокуса от вспышки - происходит фокусировка.
- отпускаем кнопку (AF-ON или AE-L/AF-L) - фокусировка прекращается - подсветка автофокуса от вспышки выключается.
- нажимаем кнопку спуска затвора - подсветка автофокуса от вспышки не срабатывает повторно (так как фокусировка убрана на заднюю кнопку) - камера делает фотографию. 

Если камера не хочет делать фото, необходимо изменить режим приоритета съемки на принудительный по нажатию кнопки спуска (игнорируя фокусировку). Так как заранее была произведена фокусировка по задней кнопке, после принудительного спуска затвора все будет в фокусе.

Хотя такое поведение вспышки не нормальное. Подсветка автофокуса должна исчезать до того как камера делает снимок, а не после. 

Но возможно мой вариант поможет в такой проблеме.